Le comité de pilotage se réunit au moins une fois par an. Sa présidence est assurée alternativement, un an sur deux, par le Délégué régional concerné du CNRS et par le Président de l'établissement de rattachement principal. Ses missions sont les suivantes :

• décider de l'organisation générale et du fonctionnement de la MSHB
• adopter, après avis du conseil scientifique, le programme et la politique scientifique de la MSHB
• adopter les projets de budget de fonctionnement et d'investissement
• se prononcer sur toute modification des statuts de la MSHB

Avec voix délibérative :

• David Alis, président de l'Université de Rennes, ou son représentant
• Isabelle Richard, directrice de l'EHESP, ou son représentant
• Vincent Gouëset, président de l’université Rennes 2, ou son représentant
• Lionel Maurel, directeur adjoint scientifique de l'InSHS - CNRS, ou son représentant
• Virginie Dupont, présidente de l’université de Bretagne Sud, ou son représentant
• Pascal Olivard, président de l'université de Bretagne Occidentale, ou son représentant
• Gabrielle Inguscio, déléguée régionale du CNRS Bretagne Pays de la Loire, ou son représentant

Avec voix non délibérative :

• Renaud Seigneuric, délégué régional académique à la recherche et à l'innovation, ou son représentant
• Loïg Chesnais-Girard, président du Conseil régional de Bretagne, ou son représentant Olivier David, vice-président du conseil régional de Bretagne en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche
• Nathalie Appéré, présidente de Rennes Métropole, ou sa représentante Isabelle Pellerin, vice-présidente de Rennes Métropole en charge de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation
• Pablo Diaz, directeur de Sciences Po Rennes, ou son représentant
• Pascal Mognol, président de l’École normale supérieure de Rennes, ou son représentant
• Alessia Lefébure, directrice de l'Institut Agro Rennes-Angers, ou son représentant
• Didier Briand, directeur de l'ENSAB, ou son représentant
• Danièle Yvergniaux, directrice générale de l'EESAB, ou son représentant
• Nicolas Thély, directeur de la MSHB
• Ronan Calvez, directeur adjoint de la MSHB
• Frédéric Pugnière-Saavedra, directeur adjoint de la MSHB
• Isabelle Ganzetti-Gémin, secrétaire générale de la MSHB

Le Conseil scientifique se réunit une à deux  fois par an. Son président est élu parmi les experts scientifiques pour une durée de cinq ans renouvelable. La durée du mandat des membres du Conseil scientifique est de cinq ans également, et renouvelable. Le Conseil scientifique se prononce sur les projets de recherche soumis pour labellisation à la MSHB. Il émet un avis sur :

• le programme scientifique (projets financés et accompagnés par la MSHB)
• la politique scientifique de la MSHB et le choix de ses partenaires institutionnels
• la politique de diffusion, de communication et de publication des résultats de la recherche de la MSHB
• la politique de développement des plateformes technologiques attachées à la MSHB
• la politique de valorisation et de transferts de ces résultats

Les membres du conseil scientifique sont en cours de renouvellement.

Direction de la MSHB (avec voix non délibérative)

• Nicolas Thély, directeur
• Ronan Calvez, directeur adjoint
• Frédéric Pugnière-Saavedra, directeur adjoint

Représentants institutionnels (avec voix non délibérative)

• Correspondant·e du Conseil scientifique du GIS Réseau national des MSH
• Florence Thiault, coresponsable de l'URFIST

Experts nationaux (avec voix délibérative)

• Thomas Lebarbé, linguiste, humanités numériques, université Grenoble Alpes (MSH Alpes)
• Frédéric Le Blay, philosophe, Nantes Université (MSH Ange Guépin)
• Isabelle Guérin, socio-économiste, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
• Emmanuelle Saulnier-Cassia, droit public, Université de Versailles Saint-Quentin
• Michel Streith, anthropologue, Université Clermont Auvergne
• Thomas Thevenin, géographe, Université de Bourgogne Franche-Comté
• Ingrid Volery, sociologue, Université de Lorraine-site de Nancy, présidente du Conseil scientifique

Experts internationaux (avec voix délibérative)

• Eugénia Agusti, arts visuels et design, Université de Barcelone, Espagne
• Jean-François Bert, historien, Université de Lausanne, Suisse

Les membres du collège des pairs de la MSHB peuvent être invités par la présidente du Conseil scientifique.

Direction de la MSHB

• Nicolas Thély, directeur
• Ronan Calvez, directeur adjoint
• Frédéric Pugnière-Saavedra, directeur adjoint

Directrices et directeurs des unités associées

• Le directeur ou la directrice de l'UMR AMURE, Centre de droit et d'économie de la mer
• Le directeur ou la directrice de l'UMR ARENES, Centre de recherches sur l'action politique en Europe
• Le directeur ou la directrice de l'UMR CREM, Centre de recherche en économie et management
• Le directeur ou la directrice de l'UMR IODE, Institut de l'Ouest : droit et Europe
• Le directeur ou la directrice de l'UMR LETG, Littoral, environnement, télédétection et géomatique
• Le directeur ou la directrice de l'UMR CReAAH, Centre de recherche en archéologie, archéosciences, histoire
• Le directeur ou la directrice de l'UMR ESO, Espaces géographiques et sociétés
• Le directeur ou la directrice de l'UMR SMART, Structures et marchés agricoles, ressources et territoires - LERECO, Laboratoire d'études et de recherches en économie
• Le directeur ou la directrice de l'UMR TEMOS, Temps, Mondes, Sociétés
• Le directeur ou la directrice de l'UR CECJI, Centre d'étude des correspondances et journaux intimes des XIXe et XXe siècles
• Le directeur ou la directrice de l'UR TEMPORA, Laboratoire de sciences historiques
• Le directeur ou la directrice de l'UR CFV, Centre François Viète, Epistémologie, histoire des sciences et des techniques
• Le directeur ou la directrice de l'UR Philosophie des normes
• Le directeur ou la directrice de l'UR M2S, Laboratoire mouvement, sport, santé
• Le directeur ou la directrice de l'UR HCA, Histoire et critique des arts
• Le directeur ou la directrice de l'UR LP3C, Laboratoire de psychologie: Cognition, Comportement, Communication
• Le directeur ou la directrice de l'UR ACE, Anglophonie : communautés, écritures
• Le directeur ou la directrice de l'UR Géoarchitecture : Territoires Urbanisation Biodiversité Environnement
• Le directeur ou la directrice de l'UR LiRIS, Laboratoire Interdisciplinaire de Recherche en Innovations Sociétales
• Le directeur ou la directrice de l'UR LEGO, Laboratoire d'économie et de gestion de l'Ouest
• Le directeur ou la directrice de l'UR LABERS, Laboratoire d'études et de recherche en sociologie
• Le directeur ou la directrice de l'UR CDA, Centre de droit des affaires
• Le directeur ou la directrice de l'UR CELLAM, Centre d'études des littératures anciennes et modernes
• Le directeur ou la directrice de l'UR APP, Arts : pratiques et poétiques
• Le directeur ou la directrice de l'UR PTAC, Pratiques et théories de l'art contemporain
• Le directeur ou la directrice de l'UR LIDILE, Linguistique et didactique des langues
• Le directeur ou la directrice de l'UR CREAD, Centre de recherche sur l'éducation, les apprentissages et la didactique
• Le directeur ou la directrice de l'UR Lab-LEX, Laboratoire de recherche en droit
• Le directeur ou la directrice de l'UR Recherches en psychopathologie : Nouveaux symptômes et lien social
• Le directeur ou la directrice de l'UR PREFics, Plurilinguismes, représentations, expressions francophones - information, communication, sociolinguistique
• Le directeur ou la directrice de l'UR HCTI, Héritage et construction dans le texte et l'image
• Le directeur ou la directrice de l'UR ERIMIT, Equipe de recherches interlangues : mémoires, identités, territoires
• Le directeur ou la directrice de l'UR CRBC, Centre de recherche bretonne et celtique
• Le directeur ou la directrice de l'UR VIPS², Violences, Innovations, Politiques, Socialisations et Sports
• Le directeur ou la directrice de l'UR IDPSP, Institut du droit public et de la science politique
• Le directeur ou la directrice de l'UR CELTIC-BLM, Centre d'étude des langues, territoires et identités culturelles - Bretagne et langues minoritaires